Τα πολλά αντιβιοτικά ανατρέπουν την ισορροπία στο "οικοσύστημα" του εντέρου, μειώνοντας την παρουσία των "καλών" "μικροοργανισμών που παίζουν ζωτικό ρόλο στην υγεία του οργανισμού, καθώς διασπούν τις τροφές. Η ανατροπή των βακτηριακών ισορροπιών εξαιτίας της κατάχρησης των αντιβιοτικών πιθανώς επηρεάζει ορισμένους ανθρώπους, που βάζουν έτσι ευκολότερα κιλά, ιδίως όταν τρώνε παραπάνω και ασκούνται σωματικά πολύ λίγο.