Η νόσος Crohn, μαζί με την ελκώδη κολίτιδα, ανήκει στις Ιδιοπαθείς Φλεγμονώδεις Νόσους του Εντέρου (ΙΦΝΕ). Τα αίτια εμφάνισης της νόσου δεν έχουν διαλευκανθεί ακόμη, ωστόσο οι ειδικοί καταλήγουν ότι η εμφάνισή της πιθανόν να οφείλεται σε συνδυασμό γενετικών, περιβαλλοντικών και ανοσολογικών παραγόντων.